उत्तर डाल्टन के परमाणु सिद्धांत के मुख्य दोष इस प्रकार है:-
1. डाल्टन के परमाणु सिद्धांत के अनुसार परमाणु को खंडित नहीं किया जा सकता है वह अभिभाज्य होते हैं किंतु अब यह प्रमाणित हो चुका है की परमाणु को भी छोटे-छोटे कणों में तोड़ा जा सकता है।
2. परमाणु सिद्धांत के अनुसार एक ही तत्व के सभी परमाणु सामान द्रव्यमान वाले होते हैं सही नहीं है तत्व के परमाणु विभिन्न द्रव्यमान वाले भी होते हैं जिन्हें समस्थानिक कहा जाता है।
3. परमाणु सिद्धांत की यह मानता है की विभिन्न तत्वों के परमाणु विभिन्न द्रव्यमान वाले होते हैं हमेशा सही नहीं है विभिन्न तत्वों के परमाणु समान द्रव्यमान वाले भी होते हैं जिन्हें संभारिक कहा जाता है।
4. चारकोल,ग्रेफाइट और हीरा यह तीनों कार्बन परमाणुओं से बने होते हैं किंतु उनके गुणों में स्पष्ट अंतर होता है जिसे डाल्टन का परमाणु सिद्धांत समझने में असफल रहा है।
